男同性恋者常见的性病与男同性恋的性活动方式有密切关系。如淋病和衣原体感染在男同性恋中除表现为淋菌性尿道炎、非淋菌性尿道炎外，还常见淋菌性咽炎、淋菌性直肠炎、衣原体直肠炎。尖锐湿疣除发生在生殖器部位外，还多发于肛周和直肠内。梅毒的硬下疳除发生在生殖器部位外，还可见于肛门、唇、手、口腔粘膜等部位。另外，肛交还可传播许多肠道传染病。如：肠梨形鞭毛虫病、类圆线虫病、隐孢子虫病、甲型肝炎、乙型肝炎等。根据男同性恋者常见性病的特点，医务人员在为男同性恋者体检时应特别注意一些特殊部位、特殊病种的检查。